Aktuálně se zabýváme i problematikou immunotolerance matky vůči embryu. Za určitých okolností může totiž imunitní systém matky rozpoznat embryo jako „cizí“ a zahájit proti němu imunitní reakci, což v konečném důsledku může negativně ovlivnit implantaci embrya do děložní sliznice. V případě, že dochází k opakovanému neúspěchu při implantaci, lze u léčeného páru stanovit tzv. KIR haplotyp (u ženy) a jejich vazebné HLA-C ligandy (u ženy a muže). Při zjištěné nekompatibilitě je možné ženě předepsat imunomodulační léčbu, případně zvolit kompatibilního dárce.
